李卫在浙江期间，雍正全面推行“摊丁入亩”。在到浙江之前，浙江巡抚曾试图推行，因地主土豪的阻挠而作罢。其上任后，明确表示了坚定的改革决心。雍正四年(1726年)七月，在任上制止了一些富户刻意制造的骚乱，自此“摊丁入亩”得以实施。
雍正枥力称赞李卫，甚至在奏折上批道“此筹是，览而不嘉悦者，除非呆皇帝也。此时，天下督抚与朕心关切者，鄂尔泰、田文镜、李卫三人耳。”雍正七年(1729年)正月到九月，其侦破了一起以江宁人张云如以符咒迷惑百姓的反清复明集团，张云如与其党甘凤池、陆同庵、蔡思济、范龙友等人被逮捕。
乾隆三年(1738年)八月，在随皇帝拜谒泰陵时，突发肝病，十月，乾隆帝允准其解任调养。然而未及还乡，即吐血身亡，年五十二岁。乾隆帝深为悼念，遂谕曰“李卫才猷干练，实心办事，宣力封疆，无少瞻顾，畿辅重地，正资料理……今闻溘逝，深为悼念。”谥号“敏达”。
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